Antes de la llegada de los españoles, los indígenas Yarigüíes, habitantes de las comarcas vecinas, visitaban este territorio, y usaban el petróleo que brotaba de su tierra para frotarse la piel y protegerse de los insectos. En 1840 se creó el corregimiento de Yondó bajo jurisdicción del municipio de Remedios. En 1930 la compañía petrolera neerlandesa Shell compró los terrenos propiedad de la familia Ospina y comenzó labores de exploración. En junio de 1941 se construyó el primer pozo petrolero (Casabe 1), dándose inicio a la explotación del hidrocarburo; esta fecha es considerada como la fundación de Yondó. A partir de entonces la población, con familias procedentes de Antioquia, Santander, Bolívar, Magdalena y el interior del país, comenzó a aumentar, hasta finales de los años 60, época en la que comenzó a declinar la actividad petrolera. En 1978, habitantes de Yondó conformaron un comité pro-municipio para evitar su desaparición. En reunión de la Asamblea Departamental de Antioquia y mediante la ordenanza 38 del 23 de noviembre de 1978 es erigido en municipio el cual empezó su vida jurídica el 1 de enero de 1979.